スパイク・チュンソフトは、2012年にPSP用ソフトとして発売されたシリーズ第2作『スーパーダンガンロンパ2 さよなら絶望学園』の希望ヶ峰学園シリーズ最終章として、完全オリジナルアニメ『ダンガンロンパ3 -The End of 希望ヶ峰学園-』を発表。2016年の放送を目指し、制作が開始されているという。
“ダンガンロンパ5周年プロジェクト”として、すべてが一新された新章であるゲーム最新作『ニューダンガンロンパV3 コロシアイ新学期』に対し、本アニメでは『スーパーダンガンロンパ2 さよなら絶望学園』の“その後”が描かれるという。総監督は、2013年にアニメ『ダンガンロンパ 希望の学園と絶望の高校生 THE ANIMATION』を手掛けた岸誠二氏。